Jalur kereta api Yogyakarta–Magelang dibangun oleh Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij (NIS), yang dibuka pada tanggal 1 Juli 1898. Selanjutnya, perpanjangannya menuju Secang selesai pada tanggal 15 Mei 1903. Dari stasiun ini, dibangun jalur cabang menuju Parakan yang selesai pada tahun 1907 dan ke Ambarawa pada tahun 1905.[3] Alasan yang menyebabkan jalur Yogyakarta–Magelang diprioritaskan adalah perlunya transportasi untuk pedagang di Muntilan dan Magelang dan calon tentara yang sedang menjalani pendidikan militer.Letak jalur kereta api ini sangat dekat dengan Gunung Merapi, terutama di daerah Salam sampai Muntilan. Apabila gunung ini meletus, pelayanan harus dihentikan karena rel yang tertutup abu vulkanik.[4]Pasca-kemerdekaan, jalur ini menjadi saksi bisu perjuangan kemerdekaan Indonesia. Pada tahun 1949, jalur ini dihadang tank di petak Payaman–Secang dalam rangkaian Agresi Militer Belanda II, sampai akhirnya petak ini dibongkari pada tanggal 11 April 1949.[5] Jalur ini sempat menjalani perbaikan agar bisa berfungsi seperti semula pada dekade 1950-an.Kereta api terakhir yang melayani jalur ini adalah Taruna Ekspres dan Borobudur Ekspres.[6] Ide mengenai Taruna Ekspres dicetuskan oleh Sarwo Edhie Wibowo, dimaksudkan sebagai layanan penunjang bagi teruna Akabri yang telah mendapat izin pesiaran. Layanan kereta api ini diresmikan pada tanggal 30 November 1972. Untuk menunjang pemberhentian, dibangun Stasiun Lembah Tidar yang kanopinya mirip dengan kanopi stasiun NIS.[7]Jalur kereta api ini dinonaktifkan menyusul letusan Gunung Merapi pada tahun 1972 hingga 1976 yang menyebabkan banjir lahar dingin serta menyebabkan terputusnya Jembatan Krasak pada tahun 1975.[6]Berkali-kali wacana reaktivasi (pengaktifan kembali) jalur KA ini sudah mulai mencuat sejak lama, namun tidak pernah terealisasikan.