Ibu Nyai Ida bercerita bahwa dulu Mbah Zainal Abidin Munawwir menginginkan pondok anak2. Karena mereka masih suci bersih tanpa dosa, doanya dikabulkan oleh Allah. Mengajari anak dengan ajaran yang lurus bisa menjadi amal jariyah. Lalu Beliau meminta Ibu Nyai untuk mengadakan pondok anak. Tapi niatan mulia tersebut baru bisa terwujud tahun 2017, tiga tahun setelah Mbah Zainal wafat. Lahul fatihah...
Setelah meliat semangat anak anak penghafal Alquran
Pondok pesantren putra anak al Fathimiyah termasuk pondok Quran yang ditujukan untuk anak putra usia 7-12 tahun.Santri dididik untuk membaca Quran dengan benar dan lancar sesuai kaidah makhorijul huruf dan tajwid terlebih dahulu.Jika sudah lancar, maka santri akan masuk ke jenjang menghafal Quran.Sistem pondoknya seperti asrama. Terdapat beberapa fasilitas seperti mushola, kamar tidur, dan ruang belajar.